Friedensinitiativen und andere Gruppen protestierten dagegen während der Parlamentsdebatte vor dem Landtag. Während SPD und Grüne das Ende der Pflicht zu ziviler Forschung kritisierten, wurde es von der AfD ausdrücklich begrüßt.

Außerdem haben die Hochschulgremien künftig das Recht, eine Anwesenheitspflicht für Studenten einzuführen. Dies stieß besonders bei den Studentenvertretungen auf Ablehnung.

SPD und Grüne kritisierten das Gesetz als ideologiegetrieben und rückwärtsgewandt. Der Abbau der studentischen Mitbestimmungsrechte sei bundesweit beispiellos, sagte der SPD-Abgeordnete Dietmar Bell.

Für die FDP verteidigte Daniela Beihl das Gesetz: Es verschaffe den Hochschulen mehr Freiheit und befreie sie von politischer Detailsteuerung. NRW-Wissenschaftsministerin Isabel Pfeiffer-Poensgen sagte, das neue Gesetz werde die Rahmenbedingungen für die Hochschulen verbessern.

Matthi Bolte-Richter (Grüne) kritisierte, die geplante Anwesenheitspflicht werde „Bürokratie pur“ verursachen. Die Studenten würden immer stärker gegängelt. Das Gesetz schade dem Wissenschaftsstandort NRW.

Studentenvertretungen wie die Landes-Asten-Vertretung und der AStA der Uni Köln kritisierten das Gesetz. Die demokratische Mitbestimmung der Studierenden werde eingeschränkt. Der Name „Hochschulfreiheitsgesetz“ sei blanker Hohn. Das Gesetz befreie die Professoren davon, sich mit den Belangen der Studierenden auseinanderzusetzen. Die Belastung der Studierenden steige zeitlich und psychisch. Dies werde zu längeren Studienzeiten führen.

Das Gesetz erlaubt den Hochschulen auch, selbst Bauherren zu werden. Das bisherige Graduierteninstitut der Fachhochschulen soll zudem in ein eigenständiges Promotionskolleg überführt werden. Ziel ist es, dem Promotionskolleg das Promotionsrecht zu verleihen. Allerdings ist dies an das Ergebnis eines Gutachtens des Wissenschaftsrates gebunden.