Nutzer müssen die Webseite https://web.threema.ch/ aufrufen und einen QR-Code mit dem Smartphone scannen. Sie haben dann vollen Zugriff auf Unterhaltungen, Kontakte und gespeicherte Medien. Vorerst ist die Web-Version nur für Nutzer der Android-App (Version 3.0) verfügbar. Unterstützt werden die Browser Chrome, Firefox und Opera. Weitere Plattformen sollen folgen.

Die Verbindung setzt dabei auf Datensparsamkeit, wie das Unternehmen erklärt. Smartphone und Browser kommunizieren direkt und ohne zwischengeschaltete Server miteinander. Wenn sich beide Geräte im gleichen Netzwerk befinden, werden die Daten intern im Netzwerk übertragen.